Se você controlar o lote e a tarefa agendada, poderá configurá-lo para usar um parâmetro.
Exemplo - na tarefa agendada, na ação, você pode definir um parâmetro como: /ScheduledTask
No arquivo em lote, você pode verificar a existência do parâmetro da linha de comando:
if /i %1==/ScheduledTask set RUN_BY_TASK_SCHEDULER=1