Isso é possível criando uma definição de log para cada site. Nomeie cada definição de log para corresponder ao site para o qual você deseja que os logs sejam coletados e ative-os para o site específico que você deseja registrar nesse arquivo. A Microsoft entra em detalhes sobre isso no Readme do Log Avançado:
Enabling and disabling logging for Web sites. The Advanced Logging feature can be enabled or disabled at the server level in IIS Manager, which also enables or disables logging at lower levels (matching the server-level setting). If you want to disable logging for certain Web sites or directories, while enabling logging for others, enable the Advanced Logging feature at the server level, and then disable the log definition files for the Web sites/directories for which you want to disable logging. To disable a log definition, do the following:
- In the Connections pane, click the Web site or directory for which you want to disable logging.
- In the Web site or directory Home page, double-click the Advanced Logging icon.
- In the Advanced Logging feature page, click the log definition, and then in the Actions pane, click Edit Log Definition.
- In the Log Definition page, clear the Enabled check box.
- In the Actions pane, click Apply.
- Repeat steps (3) through (5) for additional log definitions, if desired.
Fonte: link
Pessoalmente, tive problemas para alterar as configurações do Registro avançado no nível do site no passado, mas você também pode usar um filtro para cada definição de registro para limitar o escopo a um único site.