A mensagem "Hosts virtuais SSL baseados em nome só funcionam para clientes com suporte a indicação de nome de servidor TLS" refere-se à falta de suporte a SNI no Web client (por exemplo, seu navegador). Em outras palavras, essa mensagem geralmente não aponta para um problema com a configuração do servidor, mas é apenas um aviso de que alguns navegadores não poderão acessar o servidor. Para maior clareza, esta é apenas uma mensagem de "informação" e não indica que algo esteja errado.
Notavelmente, muitos navegadores mais antigos não têm suporte a SNI e, como resultado, não podem negociar entre SANs (nomes alternativos de assunto) em um certificado de vários domínios. Para uma lista de navegadores, ou apenas mais informações, você pode fazer uma pesquisa na Web para "suporte a SNI", mas, na realidade, você teria que ter uma razão bastante convincente para desistir do uso de um certificado de vários domínios apenas para ser compatível com um navegador mais antigo.
Provavelmente você precisa atualizar seu LogLevel
para obter informações mais detalhadas antes qualquer um pode ajudar você a encontrar o problema.