Sua terminologia não é muito precisa, então é difícil dizer o que você está tentando fazer.
Cloudformation cria "pilhas". Você pode criar uma pilha que contenha uma instância do RDS.
Se você quiser atualizar uma pilha, poderá carregar um modelo JSON atualizado para essa pilha. As únicas alterações que serão aplicadas à pilha são as alterações do modelo JSON original que foi usado para criar a pilha.
Portanto, se você tiver uma instância do RDS na pilha e seu modelo atualizado não incluir nenhuma alteração nessa instância do RDS, a aplicação de um modelo atualizado (que altera outras partes da pilha) não afetará sua instância do RDS. / p>
Se o seu modelo atualizado contiver alterações na sua instância do RDS, dependendo das alterações, sua instância do RDS existente poderá ser excluída.
Eu aconselho testar em uma pilha fictícia primeiro.