Eles não são a mesma chave, eles têm diferentes impressões digitais. Eles só vieram do mesmo arquivo.
Parece que você tinha uma chave, a adicionou ao seu agente, a moveu / excluiu, depois adicionou outra chave no mesmo local e a adicionou novamente ao seu agente. Ou você montou outro sistema de arquivos no topo depois de adicionar o primeiro.
Isso não é possível de outra maneira, tanto quanto eu sei. Mesmo se você tivesse duas chaves no mesmo arquivo, só leva o primeiro. (Você pode verificar com grep '-----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----' /Users/josh/.ssh/id_rsa
)