A causa raiz da instalação lenta do Windows Updates foi esta chave de registro:
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ WindowsUpdate \ Trace
Existe um valor chamado "Level" definido como 3.
Não está claro por que essa chave estava presente em muitos dos nossos servidores - ela não está presente em uma nova versão limpa do Windows. Talvez tenha sido adicionado por um determinado Windows Update ou por um dos utilitários que estamos usando. Também aumenta o nível de informações registradas em c: \ Windows \ WindowsUpdate.log.
Depois de remover a chave e as subchaves associadas e os valores, vimos tempos muito mais rápidos para a instalação das atualizações do Windows. Na verdade, eles estão instalando três vezes mais rápido, então estou satisfeito por termos encontrado a causa raiz. Espero que esta informação seja útil para alguém!