Você só pode usar um único certificado de servidor para o seu site com o Apache 2.2
Para autenticação de cliente, você pode usar vários certificados de CA simultaneamente para validar certificados de clientes. Simplesmente concatene os vários arquivos de Certificado de CA codificados em PEM, em ordem de preferência, para qualquer arquivo que você SSLCACertificateFile directiva aponta para.