Para mim, parece que seus problemas vêm de um arquivo com um sufixo que não é .list. Você poderia compartilhar o conteúdo de /etc/apt/sources.list.d
?
Ou você colocou percona-release_0.1-3.trusty_all.deb
em /etc/apt/sources.list.d
? Em caso afirmativo, remova-o.