É assim que MySQL
funciona. O SGBD deve garantir a "integridade" (ACID-of) dos dados, de modo que a maioria das operações tenha acesso a tabelas específicas. Até que a operação seja concluída, nenhuma outra operação deve ser iniciada em nenhuma circunstância. Todas as consultas são enfileiradas na linha e executadas uma por uma sequencialmente. Alguns mecanismos de banco de dados permitem bloquear não a tabela inteira, mas envolvem apenas linhas, mas a IRL não é muito útil.
Existem alguns truques que ajudam a evitar tais travamentos, mas enquanto você não é um dos desenvolvedores do Vaadin, você não pode usá-los.