Instale grub2-tools , você encontrará /usr/sbin/grub2-setpassword lá. É para isso que o conteúdo atual é feito.
A execução do binário grub2-setpassword gerará /boot/grub2/user.cfg contendo:
GRUB2_PASSWORD=grub.pbkdf2.sha512.***
Você pode fazer isso manualmente, apenas cat /usr/sbin/grub2-setpassword e ver quais ações realizar. Basicamente execute /usr/bin/grub2-mkpasswd-pbkdf2 e insira o conteúdo no arquivo user.cfg nomeado.