Estou procurando a mesma resposta, mas ainda não encontrei uma boa solução.
Nesse ínterim, eu troquei meu alt , ctrl que ajuda a manter minha memória muscular.
Isso pode funcionar para você nesse meio tempo:
setxkbmap -layout 'us,us' -option 'ctrl:swap_lalt_lctl'
E você pode ter que impedir que o Gnome redefina seu layout:
sudo gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.keyboard active false
Espero que alguém um pouco mais experiente forneça uma solução para evitar o uso de Shift + Ctrl + c no terminal.
[EDIT] Acontece que as configurações não duram além de uma reinicialização. Eu configurei isso no meu xorg.conf
Section "InputDevice"
Identifier "Keyboard0"
Driver "kbd"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us"
Option "XkbOptions" "ctrl:swap_lalt_lctl"
EndSection