Se você realmente quiser fazer isso, remova-o do nginx em sua localização \ .php:
try_files $uri $uri/ =404;
Isso é o que faz com que ele verifique o sistema de arquivos antes de passar o pedido para o fcgi upstream. Verifique também se o processo fcgi tem o diretório raiz configurado corretamente para que ele não possa ler arquivos rpp aleatórios agora que o nginx não pode fazer a checagem de existência.