Eu descobri que o Perl 5.20 não usa mais os links simbólicos em / usr / bin.
(leia melhor essas mensagens!)
Eles agora apontavam para um arquivo inexistente:
lrwxr-xr-x 1 root wheel 25 4 Mai 2015 perl -> /usr/local/bin/perl5.18.4
lrwxr-xr-x 1 root wheel 25 4 Mai 2015 perl5 -> /usr/local/bin/perl5.18.4
Eu deletei esses e agora o RKHunter está quieto.
rm /usr/bin/perl
rm /usr/bin/perl5