Eu tenho o mesmo problema ao atualizar o PHP, você pode tentar isso
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/apache2-bin_2.4.16-4+deb.sury.org~precise+4_amd64.deb
e depois instalar o php5 por
sudo apt-get -f install php5
isso atualizará o apache2, aproveite.