A resposta de acordo com Mongo é:
Liberar e bloquear o banco de dados
As gravações precisam ser suspensas no sistema de arquivos para fazer uma cópia estável dos arquivos do banco de dados.
Antes do MongoDB versão 2.0, isso é obtido através do shell do MongoDB usando fsync e lock:
mongo shell> use admin
mongo shell> db.runCommand({fsync:1,lock:1});
{
"info" : "now locked against writes, use db.$cmd.sys.unlock.findOne() to unlock",
"ok" : 1
}
O MongoDB 2.0 adicionou o método db.fsyncLock () para bloquear o banco de dados e liberar gravações em disco e adicionou o método db.fsyncUnlock () para desbloquear o banco de dados após a conclusão do instantâneo.
Durante o tempo em que o banco de dados é bloqueado, qualquer pedido de gravação que este banco de dados receber será rejeitado. Qualquer código de aplicativo precisará lidar com esses erros de maneira apropriada.
Como definir o Mongo com o EC2 é abordado aqui: link
E o backup é coberto aqui: link