Conseguimos resolver isso. Ao ler a documentação com mais cuidado, meu colega apresentou uma sugestão. O agente CodeDeploy armazena a última instalação de implantação bem-sucedida em /opt/codedeploy-agent/deployment-root/some-dir/some-other-dir
. Durante a próxima implantação, os appspec e os scripts armazenados lá estão sendo usados nas primeiras etapas da implantação. Então tivemos que fazer login em cada servidor, ir para esse diretório e alterar o tempo limite no appspec manualmente.