Use UserParameter que está funcionando sem EnableRemoteCommands enabled:
UserParameter=<key>,<command>
No seu caso:
UserParameter=zabbix.remotecommands, egrep 'EnableRemoteCommands.*=.*1' /etc/zabbix/zabbix_agentd.conf
Em seguida, crie um item zabbix.remotecommands com o tipo Zabbix Agent e a seguinte declaração para verificar:
{Template OS Linux:zabbix.remotecommands.strlen()}=0
Ele será acionado se o item não retornar nada, por exemplo EnableRemoteCommands está desativado. Por favor, não use system.run quando você absolutamente não precisa, ele é desativado por padrão por propósito - você pode fazer qualquer coisa usando outras maneiras que o Zabbix lhe oferece.