Após uma discussão com o desenvolvedor, este provou ser um erro em ntfsclone e ntfsresize v2015.3.14 : eles devem estar ignorando os clusters defeituosos, mas não o façam se houver muitos deles para a lista se encaixar em um único bloco.
O desenvolvedor forneceu um patch para a versão atual, ntfs-3g v2015.3.14 , disponível no link acima.