IMHO você deve manter sua configuração de servidor separada do seu código.
As ferramentas de gerenciamento de configuração devem permitir que você mantenha a configuração correta para um ambiente específico e seu código deve ser capaz de rodar em qualquer ambiente configurado corretamente.
Portanto, não inclua o arquivo .htaccess em sua implantação e, de preferência: não use arquivos .htaccess !
Como citado no arquivo manual em arquivos .htaccess :
You should avoid using
.htaccessfiles completely if you have access to httpd main server config file. Using.htaccessfiles slows down your Apache http server. Any directive that you can include in a.htaccessfile is better set in aDirectoryblock in the main Apache configuration file(s), as it will have the same effect with better performance.