Você precisa desativar o arquivo de recarregamento automático quando forem detectadas alterações externas no texmaker.
O que eu estou supondo que está acontecendo é que o UbuntuOne reescreve o arquivo por algum motivo e o texmaker detecta que recarregar o arquivo apenas sincronizado de volta ao seu estado original antes de salvar.No momento, o texmaker não tem a opção de perguntar o que fazer quando detecta uma alteração externa e apenas recarrega o arquivo. Desligue por enquanto até que essa opção seja implementada.
Isso deve permitir que você edite seus arquivos sem reverter as alterações na detecção usando o UbuntuOne.