Gire uma nova VM e instale a versão correta do MongoDB e suas dependências. Em seguida, copie os dados da máquina antiga para a nova.
Se você não sabe como foi atualizado, no antigo sistema procure em /var/log/yum.log
para ver quando aconteceu. Então dê uma olhada em todos os trabalhos cron do sistema, a arma fumegante será yumcron.
Você pode, obviamente, desativar o yumcron, ou você pode editar o /etc/yum.conf para excluir certos pacotes.