Você pode usar a opção --line-numbers
para obter uma listagem da tabela relevante com números de linha erm.
$ sudo iptables -L INPUT --line-numbers -vn
Chain INPUT (policy ACCEPT 0 packets, 0 bytes)
num pkts bytes target prot opt in out source destination
1 46 3716 TEST all -- * * 0.0.0.0/0 0.0.0.0/0
...
Depois de saber o número da linha da regra, você pode excluí-lo com a opção -D
$ sudo iptables -D INPUT 1
Exclui a primeira regra na tabela INPUT.