Eu finalmente consegui trabalhar !!!
Aparentemente, o problema era que, Unison não foi capaz de criar um perfil usando o Unison-gtk (ainda não sei porque estava mostrando erro sobre um arquivo não-existente) então devido a isso houve algum problema ao carregar o arquivo perfil.
O que eu fiz agora, entrei no .unison e criei o perfil criando um arquivo profile.prf com as informações da seguinte forma -
root = /home/gaurav/
root = ssh://[email protected]//home/gaurav/
Aqui está um tutorial completo sobre o assunto. link