Eu não acho que haja uma maneira de fazer isso com o taskkill.
Encontre o PID do processo svchost.exe em que o serviço é executado:
tasklist /FI "SERVICES eq wuauserv"
Em seguida, use o Process Explorer e clique duas vezes nesse processo e altere para Threads
aba, mate os quatro threads associados ao serviço wuauserv.
Isso deixará o processo em um estado não estável, mas acho que, se você não conseguir parar normalmente, já está instável.
Unstable significa que o gerenciador de controle de serviços ainda acha que está em execução e não pode pará-lo.