Acabamos de escrever um script do PowerShell para exportar todas as pastas, recriá-las e reimportá-las. Não é realmente uma solução ideal, mas conseguiu o que precisávamos.
Depois de fazermos isso, tivemos que adicionar novamente as contas aos dispositivos móveis para que as pastas aparecessem.
Mais de uma solução alternativa, mas isso resolveu o problema.