Isso soa como um bug em uma atualização de pacote recente. Você poderia tentar reverter para a versão antiga do NTP com apt-get -t=wheezy ntp
e, em seguida, talvez apt-get hold ntp
, se quiser continuar assim até a próxima versão ser lançada.
Manter o controle de quando a próxima versão sai é um pouco complicado, e requer muita verificação manual de sua parte.