Existe um conf no gedit que pode corrigir o seu problema: Você pode modificá-lo digitando
gsettings set org.gnome.gedit.preferences.editor ensure-trailing-newline false
Se você não gosta de ferramentas de linha de comando
Você pode modificá-lo usando dconf-editor
( sudo apt install dconf-editor
se necessário)
Em seguida, no editor do dconf, vá para
/org/gnome/gedit/preferences/editor
E altere ensure-trailing-newline
para falso