Infelizmente, essa é a política de segurança do GNOME, sempre que você entrar na tela de bloqueio all , as extensões serão desativadas automaticamente até você voltar, e as extensões serão reativadas.
Portanto, a única solução viável é manter a tela desbloqueada o tempo todo. Você pode usar uma extensão como Mantenha-se acordado! para evitar o bloqueio automático de tela.