Investigue. 90 minutos para uma reinicialização regular do servidor é dolorosa. Se você precisar de alta disponibilidade, isso significa que você está em um nó por 1,5 horas APENAS PARA UM REINÍCIO (o que acontece com bastante regularidade durante o patch). Isso significa que você precisa tecnicamente de 3-4 nós para estar altamente disponível. Algo é muito estranho aqui. Eu pessoalmente não aceitaria isso.
Eu meio que entendo isso quando o servidor trava. Se um log de transações deve ser revertido, isso pode levar AGES. Mas o MSMQ não está lidando com transações normalmente que geram muitos gigabytes, E - uma reinicialização não deve resultar em operações excessivas aqui.