Eu pessoalmente uso o AWN substituindo os dois painéis porque:
- Ele tem uma área de bandeja, para que eu possa remover o painel (o Docky não fez a última vez que tentei e não funcionou).
- Ótimo desempenho (mesmo no meu netbook)
- Cada applet é um processo diferente, se um deles bloquear, o AWN não
- É lindo e altamente personalizável.
- Tem um bom lembrar o applet leite, e cargas de outros (onde carrega > docky mas carrega < Cairo Dock).
- Eu posso colocá-lo no topo ou no lado esquerdo da tela (meus pequenos lugares favoritos).
- As últimas versões têm integração com o Zeitgeist (os ícones exibem os itens mais usados e últimos)
- Funciona com applets python (disclaimer fanboy).
De qualquer forma, eu concordo que é um post altamente subjetivo e não existe uma resposta correta.