Isso é algo especulativo até que seja confirmado se a questão é especificamente sobre o arquivo de zona e não sobre o conteúdo da zona.
O BIND não grava imediatamente dados de transferências de zona (para zonas escravas) ou atualizações (para zonas atualizadas dinamicamente) no arquivo de zona propriamente dito, em vez disso, armazena as alterações no arquivo de diário ( .jnl ) e limpa periodicamente todos muda para o arquivo de zona principal.
Isso não afeta de forma alguma os dados que estão sendo veiculados; os novos dados são servidos independentemente de terem sido mesclados no arquivo de zona principal ainda ou não.
Além disso, por padrão, as versões atuais do BIND não usam nem mesmo o arquivo mestre baseado em texto formato para zonas escravas em favor de uma formatação binária mais eficiente (sem problemas reais, já que você não está trabalhando diretamente com os arquivos para as zonas escravas).
A lição a ser aprendida de tudo isso é que você não deveria realmente estar olhando para o conteúdo do arquivo nos casos em que o arquivo é gerenciado pelo BIND, mas em vez disso, olha para os dados que ele serve.
Se você, por qualquer motivo, deve olhar o conteúdo do arquivo em vez de consultar o processo named em execução, você vai querer ler o arquivo de uma maneira que também leve o diário em consideração.
Por exemplo, named-compilezone -j -o - example.com db.example.com
(Como alternativa, named-compilezone -f raw -j -o - example.com db.example.com se o arquivo estiver no formato raw (binário).)