Você tem uma boa chance de que isso funcione, desde que você desligue antes de remover ambas as unidades (certifique-se de que seja um desligamento "limpo").
Os dados de configuração de um VD são armazenados em cada um de seus drives (cada um recebe uma cópia) e uma cópia é mantida localmente no controlador.
Se você seguir com seu plano como você declarou, espero que seja quase certo que funcione. Eu normalmente avisá-lo que você não deve confiar neste método, mas você já afirmou que você tem os dados de backup, caso não funcione. Parece que você está planejando tentar isso como um potencial de economia de tempo, para que você não precise reimplantar seu sistema operacional, e isso é o máximo que você deve usar para isso.