A melhor solução que encontrei é colocar a variável em / etc / environment. As configurações são carregadas por tarefas cron e CLI e são mostradas em PHP $ _SERVER.
Por padrão, o / etc / environment tem uma linha para o PATH. Basta adicionar uma nova linha no final do arquivo.
PATH="/usr/local/sbin: ... "
MY_VARIABLE="myValue"
Como observação, a configuração PATH é que esse arquivo parece ser sobrescrito pelo PHP, como mostrado em $ _SERVER.
O serviço da web do PHP não mostra a variável, mas adicioná-la à configuração do Nginx é bastante fácil.