Ao transferir arquivos, a integridade dos dados é uma alta prioridade. Queremos que os dados sejam os mesmos nas partes de recebimento e de envio.
Embora a criptografia não garanta a integridade, ela sinaliza ao se corromper se foi alterada no meio do fluxo.
Isso também ajuda na privacidade. Tudo o que pode ser aprendido sobre alguém ajuda. Se os dados puderem ser vistos, eles podem ser analisados e um ataque pode ser adaptado ao sistema FTP de destino. Por exemplo, o arquivo que é enviado pode ser trocado.
Eu também não acho que você tenha que se explicar porque precisa de criptografia.
Cabe a você valorizar seus dados, não eles.