Parece que seu servidor pode estar ficando sem recursos ocasionalmente e, portanto, não pode responder.
Uma maneira fácil de ver se esse é o caso é instalar ( sudo apt-get install htop ) e executar um programa Linux chamado htop .
Ele mostrará o quanto a CPU e a RAM estão sendo usadas e listará os processos (programas) que estão abertos. Você pode classificar a lista pelas várias colunas para ver quais estão ocupando recursos.
Por acaso, é uma boa maneira de verificar que tipo de programa você está usando, por exemplo, se vir algo em command chamado httpd ou /usr/sbin/httpd ou similar, você sabe que está usando o Apache como servidor web.
E como o htop é um programa somente leitura, você não pode quebrar nada usando-o.