Na verdade, entrei em contato com youtube-dl e eles me deram a seguinte solução.
-u <User Name>
-p <Password>
-i
-c
--no-warnings
--console-title
--batch-file='batch-file.txt'
-o 'MyVideos/%(playlist_title)s/%(chapter_number)s - %(chapter)s/%(playlist_index)s-%(title)s.%(ext)s'
-f 'bestvideo[height<=720]+bestaudio/best[height<=720]'
Em vez de (autonumber) s, apenas use (playlist_index) s