Se o seu aplicativo for executado em uma determinada conta que não é usada por um usuário normal para fazer logon, você pode simplesmente definir permissões no arquivo para negar o acesso de leitura.
Se o aplicativo estiver sempre em execução no Apache ou em outro processo de serviço, você poderá fazer:
icacls.exe C:\AppData\ /T /deny "NT AUTHORITY\INTERACTIVE:(M)"
agora nenhum usuário interativo pode abrir esse arquivo, nem mesmo um administrador. Não tenho certeza de como isso funciona ao acessar o arquivo em um compartilhamento de rede, mas talvez você possa descobrir as permissões adequadas para você.