Acontece que eu não estava olhando o suficiente. O servidor de relatórios pode ser definido usando o método SetReportingServicesManagerServer
disponível sob os FPCReports > objeto FPCReportingServicesProperties .
Exemplo
Dim root
Set root = CreateObject("FPC.Root")
Dim array
Set array = root.GetContainingArray
array.Reports.ReportingServicesProperties.SetReportingServicesManagerServer "SERVER_NAME"
array.Save