O comportamento em torno do diretório de trabalho atual para o modo daemon mudou ao longo do tempo.
De volta no tempo, qualquer que fosse o diretório de trabalho atual do Apache, seria usado. Isso geralmente seria '/'.
Em seguida, ele foi alterado para tentar usar o diretório de trabalho do usuário que o processo do daemon executava. Se esse usuário não tivesse um diretório home válido, como às vezes é o caso do usuário padrão do Apache, ele falharia silenciosamente e você ainda ficaria com ele como '/'.
Quando algumas alterações foram feitas como parte de uma limpeza relacionada a problemas de segurança, a falha silenciosa foi removida e, inadvertidamente, ocorreu um erro grave se o usuário não tivesse um diretório base. Isso causou problemas, pois não foi percebido que o usuário do Apache às vezes não tinha um diretório pessoal válido.
Isso acionou uma alteração adicional, de modo que o diretório inicial seria usado apenas se o usuário executar o processo do daemon, como não é o usuário padrão do Apache. Se você estivesse explicitamente configurando o usuário para o processo do daemon para um usuário não Apache e ele não tivesse um diretório inicial, você teria que tomar medidas para definir a opção 'home'.
Portanto, parece que você não está usando a versão mais recente do mod_wsgi, mas uma versão que tem o penúltimo comportamento.
Como algumas distribuições do Linux transportaram algumas das alterações relacionadas a versões mod_wsgi muito mais antigas, quando não era sequer um problema de segurança que exigia que as alterações fossem portadas novamente, elas criaram uma bagunça, já que nunca capturaram a última mude para endereçar que o usuário do Apache não tem um diretório home.
Então, em última análise, seu problema é causado por sua distribuição Linux usando um mod_wsgi desatualizado e, possivelmente, conjuntos de mudanças incompletos portados.
A solução alternativa para você será configurar home = '/' como opção para WSGIDaemonProcess.
Melhor ainda, atualize de alguma forma para a versão mais recente do mod_wsgi em vez da versão antiga que a sua distribuição Linux usa.
A última versão do mod_wsgi 4.4.8. Sua distribuição Linux traz uma versão com mais de 20 versões, então você está perdendo muitas correções de erros e melhorias.