A CPL é uma média de carga que reflete o número de encadeamentos disponíveis para execução em uma CPU (ou seja, parte da fila de execução) ou que estão aguardando a E / S do disco. Você parece ter ~ 16 processos que parece estar esperando pelo disco. Essa é a razão pela qual você vê a CPU quase ociosa, ela não tem nada a fazer além de esperar pelo disco.
Eu checaria os discos deste sistema, verificaria o dmesg quanto a erros de disco, atributos smartctl & log, execute também um breve auto-teste. Acho que isso pode ser um problema seu, como disco ler & as velocidades de gravação são muito baixas.
Talvez um ataque esteja em execução no modo degradado ou reconstruído.