Em essência, este é o problema; diretório a partir do qual você está fazendo o achado é symlink; movimento tão relativo .. não está se movendo para onde você esperaria; em vez de .. de $(readlink -f $PWD)
moo:~$ mkdir foo bar
moo:~$ cd bar/
moo:~/bar$ ln -s ../foo/
moo:~/bar$ touch w00t
moo:~/bar$ ls -1
foo
w00t
moo:~/bar$ cd foo
moo:~/bar/foo$ ls -1 ../
bar
foo
utilitários legais para determinar o caminho real de algum arquivo
$ readlink -f some_name
ou verifique com namei como algum caminho está vinculado, por exemplo,
$ namei -ml /etc/passwd
f: /etc/passwd
drwxr-xr-x root root /
drwxr-xr-x root root etc
-rw-r--r-- root root passwd
O exemplo acima não contém links simbólicos ao longo do caminho, mas havia algum que mostraria em detalhes qual é o verdadeiro caminho de alguns arquivos sem a insanidade do link simbólico.