A melhor solução que encontrei e estabeleci na produção foi encontrada em link .
Usando SHOW INDEX IN a WHERE Key_name='PRIMARY' , identifico a chave primária da (s) tabela (s) e anexe um ORDER BY à consulta. A solução final se parece com INSERT INTO a_copy SELECT * FROM a ORDER BY aID, aOtherColumn , onde a chave primária de a é ( aID, aOtherColumn ).
Embora eu não esteja muito feliz com isso, funciona razoavelmente bem e, acima de tudo, muito melhor que a versão original.