Acho que os recursos do asp.net estão instalados com o IIS. Você já tentou desativar os mapeamentos? Você provavelmente também pode filtrar as extensões aspx.
Estou usando o IIS 7.5 no Server 2008 R2 para executar sites não-ASP e eles também não usam o .NET.
O ASP.NET pode ser completamente desabilitado / desinstalado, para que não sejam necessárias atualizações de segurança do ASP.NET e para corrigir pequenos incômodos, como a aparência dos diretórios aspnet_client , etc.?
Acho que os recursos do asp.net estão instalados com o IIS. Você já tentou desativar os mapeamentos? Você provavelmente também pode filtrar as extensões aspx.