Você está usando o tema Breeze com o tema de ícones Breeze Dark . Altere o tema do ícone para Breeze . Você verá os ícones novamente.
E sobre o ícone do Leitor de e-mail, esse ícone não ficará claramente visível após você alterar / definir o aplicativo MailReader padrão no tema Ícone do Breeze. Você deve alterar o tema do ícone completamente para obter uma boa visualização do ícone ou remover o ícone dessa posição.
Esta é uma captura de tela depois de definir a alteração do tema de ícones para Breeze
Você disse que a alteração das configurações de aparência não está persistindo. Se você não pode mudar os temas e ícones, eu acho que é porque o KDE tem controle sobre eles. Remova o arquivo chamado .gtkrc-2.0
e .gtkrc-2.0-kde4
(um link simbólico).
rm ~/.gtkrc-2.0 ~/.gtkrc-2.0-kde4
Você deve poder alterar os temas novamente.