O administrador do seu servidor basicamente transferiu seus sites de um centro de dados para outro. Você está pensando em instâncias do EC2 como servidores tradicionais. Agora é hora de mudar seu pensamento. Pense nas instâncias do EC2 como contêineres para seus aplicativos da Web e até mesmo parte de seu aplicativo da Web, em vez de simplesmente algo em que você os hospeda.
Modularizar seus sites é uma boa ideia. Você pode dividi-los em uma instância do EC2 por site. Dessa forma, quando você implanta uma atualização, apenas esse site é afetado (para o bem ou para o mal).
Além disso, você pode colocar seus sites atrás de grupos adequados de balanceadores de carga e / ou dimensionamento automático para acomodar as alterações de carga, com base nos requisitos exclusivos de cada site.
Dê uma olhada no Elastic Beanstalk. Ele tenta ser um mecanismo de implantação "pronto para uso" para sites (PHP, .NET, Ruby, etc.). Se tudo correr bem, você não precisará fazer login na sua instância. Ele usa uma (ou mais) instâncias do EC2 por aplicativo da Web, com base na sua configuração.
A desvantagem disso é o custo: você pagará mais porque está usando mais instâncias do EC2. Mas esse é o trade-off para modularidade e confiabilidade.