Eu duvido que o Samba possa fazer isso. Dividir recursos disponíveis como CPU, IOPS, largura de banda, etc. não é tão fácil quanto você imagina. Você precisaria pelo menos de suporte do sistema operacional para isso. Por exemplo, somente o sistema de arquivos pode realmente agendar as solicitações de IO de uma maneira legal e "justa" (com fair sendo um termo subjetivo).
Eu acho que, realisticamente, sua única opção é classificar o tráfego limite do CIFS para cada cliente via iptables.