Parece que o problema foi um ARCH_EXCLUDE incorretamente configurado - algumas das arquiteturas foram listadas incorretamente, possivelmente algumas delas foram alteradas ou foram substituídas ao longo do tempo (elas não foram modificadas em anos) e agora são sincronizadas vezes, e está segurando rápido em 108 GB. O ARCH_EXCLUDE está agora configurado desta forma:
ARCH_EXCLUDE="source all arm64 armel armhf hurd-i386 i386 ia64 kfreebsd-amd64 kfreebsd-i386 mips mipsel powerpc ppc64el s390 s390x sparc"