A diferença mais importante que posso ver entre os dois serviços é que o App-V permite virtualizar praticamente qualquer aplicativo interno e fornecê-lo aos seus usuários, enquanto o Jump Box é uma coleção de 50 aplicativos pré-selecionados que você pode use em seu ambiente. Esses aplicativos são variados e, quando eu folheei, vi o PostgreSQL, algumas plataformas de blog e algumas outras coisas.
Então, o que realmente importa é se a caixa Jump de aplicativos pré-empacotados atender às necessidades de seus usuários. Se você precisa de aplicativos não oferecidos pelo Jump Box, então não é sua ferramenta.