Se você não tem certeza se esses certificados emitidos são usados por qualquer coisa, então você pode fazer isso em uma abordagem em fases.
Revogue os certificados, verifique se os DCs foram revogados (usando o snap-in Certificados do MMC em cada CD) e aguarde algumas semanas.
Se nada quebrar, vá em frente e remova a função de autoridade de certificação.