Sim, provavelmente você perderá a conexão com todo o sistema se não fizer isso com cuidado. E, em caso afirmativo, como você recuperará o sistema se não tiver um console?
É melhor configurar um console para se conectar ao AS400 primeiro.
Eu não sei que tipo de servidor você tem e como você configurou a rede neste servidor, mas a configuração normal é o console e a conexão ethernet. COnsole pode ser ethernet ou porta especial.
Você tem outras portas disponíveis na placa ethernet? Você provavelmente pode configurar uma nova interface ip com o novo endereço IP e remover o antigo quando tudo estiver pronto.